元々入っているMySQLがバージョンが古いので入れ替えたいが、管理ソフトなどで古いバージョンのMySQLを使っている場合、2つのMySQLを同時に動かすしかないですね。
そのメモ。

元々動いているMySQLはポート3306、新しいMySQLはポート3307で動かす。


# RPM等では無く、ソースをダウンロードすること。
/usr/local/src/ に mysql-5.0.45.tar.gz をダウンロード


# グループの作成
groupadd mysql5

# ユーザーの作成
adduser -g mysql5 -d /usr/local/var mysql5

# 解凍
cd /usr/local/src/
tar xvzf mysql-5.0.45.tar.gz
cd mysql-5.0.45

# インストール(オプションに注意)
./configure \
--prefix=/usr/local/mysql5 \
--with-unix-socket-path=/tmp/mysql5.sock \
--with-charset=utf8 \
--with-extra-charset=all \
--with-mysqld-user=mysql5 \
--with-tcp-port=3307

make
make install

# ディレクトリ移動
cd /usr/local/mysql5/

# 新しいmy.cnfの作成
vi /usr/local/mysql5/my.cnf
------------------------------------
[mysqld]
port=3307
datadir=/usr/local/var/
socket=/tmp/mysql5.sock
old_passwords=1
default-character-set = utf8

[mysql]
default-character-set = utf8
------------------------------------

# 初期化
/usr/local/mysql5/bin/mysql_install_db \
--user=mysql5 \
--port=3307 \
--datadir=/usr/local/var/ \
--socket=/tmp/mysql5.sock

# パーミッション変更
chown -R mysql5. /usr/local/mysql5

# 古いMySQLを停める
/etc/rc.d/init.d/mysqld stop

# 新しいMySQLを起動
/usr/local/mysql5/bin/mysqld_safe \
--user=mysql5 \
--port=3307 \
--datadir=/usr/local/var/ \
--socket=/tmp/mysql5.sock \
--pid-file=/usr/local/var/mysql5.pid &

# 古いMySQLを起動
/etc/rc.d/init.d/mysqld start

# 完了


# 停める
/usr/local/mysql5/bin/mysqladmin --port=3307 -u root shutdown

ポートを指定して接続
/usr/local/mysql5/bin/mysql --port=3307 -u root


古いMySQLを停めてからでないと起動しなかったりします。
後は起動時のオプション。この辺がハマリどころです。